检察机关在行、刑衔接工作中面临的问题，有体制内部的问题，也有规定不科学的问题，归纳起来有以下几点：
　　1．法律监督权的属性决定了检察机关在衔接工作中的被动地位。法律规定了检察机关是国家的法律监督机关，赋予检察机关法律监督的权利。然而监督权作为一项程序性权利，与决定权、裁量权这些实体性权利相比，不具有直接强制性，对被监督者的不规范行为只能以检察建议的形式予以事后的书面审查，而被监督者如果不做出任何反应，也不会承担严重的法律后果。法律对检察机关的监督权如何行使没有明确规定，只强调协调配合，而没有有效的保障手段，检察机关缺少对行政执法案件的质询权和复查权，很难主动发现需要移送的案件，而行政机关移送刑事案件存在较大随意性，实践中行政执法机关遇到可能涉嫌犯罪的案件，有的主动邀请公、检两家提前介入，不邀请的则很难过问其中。
　　2．有关行、刑衔接的法律规范不完善。我国没有专门的法律规范行、刑衔接机制，但是在各类法律、行政法规或司法解释中，确立了行政执法机关向公安机关移送涉嫌犯罪案件并由检察机关进行监督的原则，这是行、刑相衔接机制合法性的基础。有关的联合发文主要是为了打击破坏社会主义市场经济秩序犯罪专项行动的需要而出台的，是在法律依据尚不充分的情况下的权宜之计，其中各种规定和意见，没有相应的制度和实施细则来配套。行政机关是否严格执行这些规定，不具有可期待性，使得这些联合发文的效力大打折扣，不能适应当前我国经济社会迅速发展和社会矛盾化解的需要，因此提高这些文件的效力和权威性非常迫切，这也是搞好行、刑衔接工作的根本前提。
　　3．地方经济指标、部门利益关系阻碍了检察机关监督工作的有效开展。有的地方行政执法机关在处理行政违法行为时考虑的不是违法者的法律责任问题，而是当地招商引资的成绩或本部门本单位的利益问题，从而对移送涉嫌犯罪案件不主动、不及时、不积极甚至抵触。致使检察机关无法全面掌握行政执法机关的办案情况，也很难保证立案监督的效果。

　　4．信息渠道不畅，使得监督工作落空。不单是行政机关与司法机关之间，即使在各行政执法机关之间，也存在信息沟通的不顺畅，再加之分工的不同，造成了不同机关在各自分工的领域出现对同一违法行为中超出自己管辖范围的事实需要进一步查清时，往往无法深入下去，进而导致案件证据无法完善，使得本应追究刑事责任的案件夭折。

　　四、检察机关在行政执法与刑事司法衔接中的出路

　　基于上述问题及原因分析，检察机关发挥职能作用，加强对行政执法向刑事司法过渡过程中的检察监督显得极为必要。在目前情况下，要切实推进行、刑衔接工作，除了立法层面的努力外，检察机关在实际工作中大有可为。
　　1．正确认识行、刑衔接工作中的监督权。应当看到，检察权与行政权毕竟是两种不同的国家权利，检察机关在发挥监督职能时应当既积极又稳妥。
　　2．争取同级党委及人大的大力支持。针对检察机关在行、刑衔接工作中的实际地位，要对强大的行政执法机关进行法律监督确实困难重重。要建立行政执法与刑事司法相衔接的长效机制，提高行政执法机关及时移送涉嫌经济犯罪案件的自觉性，党委重视和支持是关键。因此，必须在党委的领导和大力支持下，由一个权威的领导小组来组织推进行、刑衔接工作的开展。成立由党委领导、检察长任组长、各行政执法机关正职和公安机关负责人任成员的行政执法和刑事司法衔接工作领导小组，提升这项工作的权威性和工作力度。
　　3．继续完善各项工作制度。检察机关要在已有制度的基础上，不断充实、完善有关行、刑衔接的各项制度。
　　（1）信息共享制度。检察院、公安机关、行政执法机关三者在充分发挥各自职能作用的基础上通报情况信息，行政执法机关查处、移送的涉嫌犯罪案件情况，公安机关立案侦查情况，提请逮捕、起诉情况，人民检察院立案监督、审查批捕、审查起诉情况以及提起公诉后法院判决的情况，应当实行季度通报；各自相关的工作简报、信息应当互相交换，新的法律法规、司法解释应相互抄送等（2）联席会议制度。定期或不定期召开由行政执法机关、公安机关、检察机关参加的联席会议，通报各自行政执法情况，交流执法经验，对行政违法案件与刑事犯罪案件调查、处理和移送工作中的问题进行协调，及时解决衔接工作中遇到的重大问题和带有普遍性的问题。（3）学习交流制度。行政执法机关、公安机关和检察机关通过联合举办业务座谈会、工作经验交流会、法律法规培训班等活动，相互学习业务知识、总结办案经验，提高执法水平。
　　4．大力开展提前介入和专项检查工作。检察机关对下列案件应提前介入：（1）社会团体、新闻媒体、人民群众反映强烈的行政执法案件；（2）违法金额多、涉及面广、影响大的案件；（3）涉及重大人身安全、公共安全的案件，如重大食品安全案件、重大生产安全案件、重大环境污染案件等。