随着社会的进步和经济的发展，当下社会面临着诸多的问题，纳税人权利的保护亦是如此。在改革开放的进程中，立法者、实践者在税法方面往往关注于纳税人义务方面的问题，对于纳税人的权利保护则涉及较少。
　　自2001年5月新的《税收征管法》实施以来，我国纳税人权利保护问题与原先相比才有了很大进步，但是从保护的范围、层级、效力来讲还不够充分，不能完全涵盖纳税人权利的方方面面。并且，从实施的程序、效力层级、可行性及相关法律的配套来讲，纳税人仍处于弱势地位。
　　到2009年11月，国税总局颁布了《关于纳税人权利与义务的公告》，这使得纳税人权利与义务第一次专门的以规范性法律文件的形式出现。使我国有关纳税人权利保护的体系逐渐完备。但是，在实际的税务执法中，由于受到长期的“官本位”思想作祟以及现实因素的影响，漠视、践踏纳税人权利的事情时有发生，野蛮执法、粗暴执法也屡见不鲜，主要反映在几个方面：

　　（一）纳税人知情权的缺失
　　在税收法律关系中，纳税人与国家征税机关相比往往处于弱势地位，信息量少，更新速度慢，信息获得渠道单一。比如，某些地市的税务局网站常年不更新，内容陈旧。而纳税人其他获得税收信息的渠道也相对匮乏。对于纳税人税法宣传培训也往往流于形式，得不到良好的效果。
　　（二）税务执法中滥用执法权，随意执法
　　我国税收法律法规本身正处于完备阶段，加上许多法律法规又缺少时间操作性，部分一线税务执法人员在实际工作中，出现了执法权随意性宽泛、执法限度的落差较大、同一事例不同处理结果等问题的发生。
　　（三）税务执法人员的职业道德、执法水平有待进一步的提高
　　部分地区的税务执法人员职业道德缺失、执法水平不高，出现了损害纳税人利益等问题。

　　三、税务代理制度对于纳税人权利的保护

　　税务代理制度对于纳税人权利保护选择一种应然性路径是至关重要的。在一个税务代理行为中，存在着三方主体：税务行政机关、行政相对人（包括纳税人、代扣代缴义务人等）、中介机构。这三方当事人都发挥着重要的作用。
　　首先，在传统税收观来看，广大纳税人处于弱势地位，而且在涉税问题上是毫无话语权的。虽然相关税收法律法规中规定纳税人可以行政复议、行政诉讼，但是从相关法律的制度安排以及效果来看，纳税人权利依然得不到有效的保护。而且对于自身利益的远期展望，大多数纳税人对于税收征管部门的瑕疵行政行为也是敢怒而不敢言。
　　纳税人作为税务代理的委托人，从潜意识中天然的具有税务行政机关的排斥、抵抗力，不论是自然人还是企业，天然地具有逐利性特质，而税务机关的征税活动则被其视为与其争利的一种表现，自然表现出不合作态度，而税务机关作为国家的代表，本身具有国家征税机关的一切特性，总是期望利用手中权力去实现其行政目的。这就产生了一种貌似不可调和的矛盾，就像猫和老鼠的游戏：一方总是千方百计的避税、逃税甚至偷税，而另一方则是穷尽手段，利用现有强制性的法律法规，刚性地达到足额征税的目的（不论其程序抑或是内容是否介乎合法与违法之间）。税务代理机构作为第三方，与行政相对人是一种委托代理的关系，在行政法律关系中以委托人的名义为代理行为，其充分利用其掌握的知识技能为委托人服务，在理论上被视为纳税人的天然同盟者。
　　在完善的税务代理机制下，税务代理人独立作为第三方，具有公正、中立、专业的特点。税务代理人可以通过纳税筹划、涉税评估、受聘于纳税人作为税务顾问，在降低企业纳税成本的同时，也能维护纳税人合法的权利，监督税务机关不合法的行政行为。同时，税务代理人也可运用其专业知识，协助税务机关宣传税务知识，降低征税成本。并在行政机关与纳税人中间起着润滑与调和的作用，既要本着诚实、善良的义务为其当事人服务，也要从战略性的角度考虑，合理规劝当事人的不合法行为，为当事人减少违法成本，达到实体正义与程序正义的最优化。