水执法过程中，作为水行政执法实体的水执法人员往往会人为地放大或缩小法律赋予自身的权力和责任，同时还会因法定的执法手段有限等客观因素造成执法难，具体表现如下：
　　（一）不按程序执法
　　水行政执法行为以是否必须具备一定的形式为标准分为不要式与要式的水行政执法行为。不要式行为是指不必具备特定形式即可生效的水行政执法行为，要式水行政执法行为是指必须依法定的形式或遵循一定的程序才能正式生效的行为。如《水行政处罚实施办法》第二十二条规定：违法事实确凿并有法定依据，对公民处以五十元以下、对法人或者其他组织处以一千元以下罚款或者警告的，可以当场作出水行政处罚决定。当场作出水行政处罚决定的，在实际水执法过程中，水执法人员往往不会主动出示水政监察证件，不告知当事人权利，不告诉违法者触犯了哪条法律规定，还有实施水行政处罚不遵守法定程序，如水行政处罚的一般处理和简易处理程序往往会错用。
　　轻程序的行为往往导致执法混乱和执法不公，损害当事人的合法权益。当事人一旦利用其案件处理程序上的疏漏向法院提起行政诉讼，有可能使水执法部门败诉，无法顺利查处水事违法案件，叶军等3人在新沂河沭阳段非法采砂受处罚争议案就是最好的例证。
　　（二）执法力度不够
　　在水行政执法过程中，执法人员由于外部阻力、执法手段有限有等原因无法切实履行其职能，以至于执法力度不够。作为一名合格的水执法员就要有法必依、执法必严，如果水执法人员执法力度不够，将影响到水行政部门的威信与形象，并对日后执法工作产生不良影响。其具体表现为以下两个方面：
　　1．执法不严。由于现实中存在复杂的人际关系和利益诱因等因素，当违法者是政府部门时，有关部门就可能会使手段来干预执法；当违法者是与自身有关系的群众时，水执法者往往会顾及人情关系，从而不从严执法。
　　2．执法手段有限。水执法通常是先给予违法者口头警告，只有当其情节严重时，水执法部门才能联合公安、司法部门采取强制性手段。如果水执法人员有较强力手段，必然能加强执法力度，给予违法者更大的震慑力。目前按有关规定对非法采砂活动的处罚只能是“没收非法所得，并处罚款”，以罚代管，力度小，对违法采砂者缺乏震撼力和威慑力，达不到严厉打击和有效扼制的目的，从而造成水政执法手段少、强度弱、管理效果差的现实。

　　（三）滥用自由裁量权
　　自由裁量的水行政执法行为是指法律法规虽有规定，但规定的范围、种类、数额等有一定选择余地或一定幅度，水行政主体在执行时可以根据具体情况，作出适当决定。自由裁量权是水事法律、法规赋予水行政主管部门及水行政执法人员一定幅度的有选择余地的处置权力，是为了让水行政主管部门及水行政执法人员更灵活有效地贯彻执行水事法律、法规，以便在实施水行政处罚时收到事半功倍的效果。根据现行的水行政法律、法规的规定，水行政主管部门及水行政执法人员行使自由裁量权的范围是很广泛的，几乎渗透到水行政执法的全过程。
　　自由裁量权不能得到很好运用的原因主要在于：（1）水行政罚款与自身利益挂钩，同时他们也是理性的“经济人”，一旦涉及个人利益，就容易产生权力滥用的权力腐败；（2）水行政执法人员的价值观、个人情感、思维方式，从而导致某种程度的不公平；（3）缺乏强有力的监督机制，造成执法者与被执法者地位不对等，继而自由裁量权被滥用。

　　（四）基层水执法部门信息化建设缓慢
　　目前我国基层水执法部门信息化程度较低，水利部虽然颁布《水利部信息化建设管理暂行办法》等一系列办法来推动基层信息化建设，但总体进展缓慢。对于较发达地区或者市以上一级水行政执法部门，它们凭借资金与人才不断推动信息化建设，形成以水利电子政务系统、管理信息系统、防汛抗旱系统、水利数据库为主的水利信息化体系，群众能在网上办理相关申请，然而欠发达地区或者县级以下水行政执法部门由于资金、技术等原因，信息化建设缓慢。2009年广东省水利厅颁布的《关于进一步加强水利信息化工作的若干意见》提到全省21个地级以上市中只有7个市设立了水利信息化专职机构，绝大部分县没有水利信息化专职机构；人才匮乏，有的单位连一个懂信息化的人员都没有，更谈不上既懂水利又懂信息化的复合型人才。
　　基层水执法部门信息化建设缓慢的原因：一是基层水行政部门领导不重视信息化建设。部分领导仍然习惯于传统的执法方式和管理方式，仍然存在新技术不好用、不可靠的思想。另外，他们明白身处基层，年纪较大，难以升职，只要没有重大事情发生，他们宁愿安稳地做领导，因此他们不愿意浪费时间与精力推动信息化建设，提高效率与质量；二是水利信息化专业技术人才。由于激励机制不健全、培训工作不落实、人才队伍不稳定等原因，水利信息化专业技术人员相对缺乏，特别是既懂水利业务又懂信息化技术的复合型人才缺乏，加上水利行业待遇不高，人才流失比较严重，难以满足水利信息化工作的实际需要；三是基层经费有限，资金投入不足。水执法部门本身就经费有限，而信息化建设需要一大笔资金，特别是设备的购买、维护、升级，因此不得不减少信息化建设的资金投入。如果向上级申请信息化建设的资金又要经过预算、请示、批复后才能到位，需要一个过程，在一定程度上影响了信息化建设进程。
　　（五）水行政执法部门缺乏健全的监督制度
　　我国水行政执法监督制度主要为法律法规和水行政执法部门内部监督制度，然而它存在监督主体过多、缺乏独立性、监督力量分散等问题。水行政执法监督机制不健全具体表现为以下几个方面：
　　一是监督方式单一，过于形式化。目前监督水执法人员违法主要通过群众的信访举报，被动监督，监督方式十分有限，而水执法部门的内部监督即通过上级水行政部门或者领导来监督其下属行为看似主动监督，其实只是流于形式，内部监督的实质是自我监督。
　　二是缺乏专门的水行政执法监督法。我国尚未将水行政执法监督独立成为一个体系，现实中处罚违法水执法人员只是参照《水法》、《行政监察法》等法律法规，缺乏明确的监督处罚规定，容易造成模糊执法，滥用权力。
　　三是缺少承担水行政执法过错责任追究职能的独立专门机构。当水执法部门对违法人员追究其过错责任时，轻者交给本部门内部处理，当中可能会因人情关系而放宽处理；重者交给司法机关处理，然而我国司法机构并不独立，违法者有机会通过相关政府部门也会影响其公正的判决。只有设立水行政执法过错责任追究职能的独立专门机构才能很好地解决这个问题。
　　法过程和信息化建设的问题。制度的不完善导致实际执法出现偏差，影响水执法工作的开展；执法过程和信息化建设的问题则制约着水执法水平的提高，不利于维护群众的权益，妨碍水执法工作的公正、公平、公开。根据这五个问题，可以有针对性地提出解决对策。